公卫执业助理医师综合笔试大纲分为基础综合、临床综合和专业综合三部分。

基础综合：考核的内容是公共卫生执业助理医师工作中必须掌握的基础医学、法律法规、伦理、心理和人文学科的基础理论、概念、原则等。

临床综合：要求公共卫生执业助理医师掌握与公共卫生密切相关的临床知识，着重加强了常见病、多发病及传染病临床知识和技能的考核要求。考核的内容以系统、疾病的分类来划分。

专业综合：考核的内容是考生综合运用基础理论和专业知识处理实际问题的能力。根据当前我国公共卫生发展的现实要求，新大纲中增加了对突发公共卫生事件应急处理能力的考察。