由于分类的依据不同，分类方法也各异：

①根据抗原的化学组成 可将其分为蛋白质、脂蛋白、脂多糖、多糖、糖蛋白、多肽、核酸等抗原;

②根据抗原的形成方式 可将其分为天然抗原、结合抗原(没有免疫原性的半抗原通过化学方法结合在某种载体蛋白分子上)和合成抗原(用化学方法将某些氨基酸或核苷酸连起来而形成的原)。结合抗原主要用于研究免疫反应的特异性和免疫应答的机制，合成抗原主要用于研究免疫原性的分子结构。的特异性和免疫应答的机制，合成抗原主要用于研究免疫原性的分子结构;

③根据与淋巴细胞的关系 可将其分为胸腺依赖性抗原和非胸腺依赖性抗原。前者在刺激B细胞产生抗体时，必须有T细胞协作。自然界中的多数蛋白质，以及含有多样化抗原决定簇的抗原，如红细胞、血清蛋白质、细菌等均属此类抗原，所产生的抗体大多是IgG.后者直接刺激B细胞产生抗体，无需T细胞参加。这类抗原在结构上的特点是：有一定密度的重复出现的抗原决定簇(如大肠杆菌脂多糖、右旋糖酐等)，所产生的抗体大多是IgM;

④根据抗原的来源 可将其分为外源性抗原(来自体外物质)和内源性抗原(来自机体本身);

⑤根据抗原的免疫原性 可将其分为完全抗原和半抗原(包括复合半抗原和简单半抗原)。既具备免疫原性又具备反应原性的物质如细菌、病毒、动物血清等为完全抗原;只具备反应原性，不具备免疫原性的物质为半抗原，如某些药物、寡糖、核苷酸等小分子化合物。