1995年全国人大常委会《关于惩治违反公司法的犯罪的决定》增设了以“公司、企业人员”为主体的侵占罪，同时规定公司、企业中的国家工作人员利用职务上的便利侵占本单位财物的，以贪污罪定罪处罚，实际上把贪污罪的主体缩小了。由此开始，贪污罪与职务侵占罪的界限问题，就成为刑法理论与实务的热点难点问题之一。修订后的我国刑法第二百七十一条第一款扩大了职务侵占罪的主体范围，规定“公司、企业或者其他单位的人员”，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为已有，数额较大的，构成职务侵占罪。同时，在同条第二款规定：“国有公司、 企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业或者其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照刑法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。”在司法实践中，贪污罪与职务侵占罪的界限问题，继续成为争论的焦点。
　　从目前刑法理论著作和实践操作的情况看，有许多人认为，贪污罪与职务侵占罪的区别主要有三：
　　一是对象，贪污罪的对象是公共财物，而职务侵占罪的对象是非公共财物。关于贪污罪的对象，在我看来，恐怕仅限于公共财物，是不准确的。从刑法第三百八十二条第一款、第二款的规定来看，刑法明确规定的贪污罪的对象，无疑是 “公共财物”。刑法第三百八十二条是贪污罪罪状的标准，既然刑法第三百八十二条明文规定贪污罪的对象只能是公共财物，那么就不得有所突破，否则违背罪刑法定。但是，从刑法其他有关贪污罪的罪刑规范来看，贪污罪的对象实际上并不仅限于公共财物。按照刑法第二百七十一条第二款、刑法第一百八十三条第二款的规定，国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有单位中从事公务的人员利用职务上的便利非法占有本单位财物构成贪污罪的，显然其贪污的财物就包括非公共财物。所以，我认为以对象是公有还是私有来划分贪污罪与职务侵占罪，是不准确的。以对象是公共财，物为限， 实际上也是不现实的，缺乏操作性。 比如，在股份制企业中，被国有公司委派来从事管理工作的人，利用职务上的便利非法占有股份制企业的财物，占有多少就是贪污多少，不可能说非法占有的企业财物中国有财产占多少，才算贪污多少。 由此看来，要解决立法与实践相脱节的问题，刑法第三百八十二条第一款对贪污罪的对象有必要进行修改补充，以使其规定与第二百七十一条第一款等条款的规定相协调。
　　二是行为特征，贪污罪的客观行为是利用职务上的便利侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有财物，而职务侵占罪的客观行为是利用职务上的便利将本单位财‘物非法占为已有。贪污罪与职务侵占罪的客观行为没有什么区别，两者都是利用职务上的便利，都是非法占有财物。 而且， 两罪中 “利用职务上的便利”之“职务”， 指的都是管理性的活动。 至于贪污条文中非法占有财物的方法列举了 “侵吞、窃取、骗取”等， 而职务侵占罪条文中 只用了“非法侵占”，只是立法用语的字面的差异， 实质上相同。
　　三是主体，贪污罪的主体是国家工作人员和受国有单位委托管理、经营国有财产的人员，而职务侵占罪的主体是公司、企业或者其他单位中排除上述两类人员的，其他人员。以主体身份作为标准，贪污罪与职务侵占罪的区分的原则是：国家工作人员（即国家机关中从事公务的人员），国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员，国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，其他依照法律从事公务的人员，以及虽非国家工作人员，但受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利非法侵占本单位财物的，一律以贪污罪定罪处罚；其他情况下的利用职务上的便利非法侵占本单位财物（不论财产性质如何）的行为，依照刑法第二百七十一条第一款规定的职务侵占罪定罪处罚。例如，国家机关，国有公司、企业、事业单位，人民团体中不具有国家工作人员身份（包括以国家工作人员论）又未受委托管理、经营国有财产的一般劳务人员，即使利用自己的职务便利条件非法占有本单位的公有财物，也不能以贪污罪论处。所以，贪污罪与职务侵占罪的区别，实际上就在于主体的不同。