淡水河流域重污染行业污染整治被列入2009年广东省挂牌督办十重点区域环境问题。据惠州市环保局介绍，2012年前沿河养殖场将全部关停或转移，并将在2009年底前建成惠阳城区生活污水处理厂二期等项目。
　　沿江两岸1公里划为禁养区
　　据广东省环保局党组成员、环境监察分局局长周全介绍，今年挂牌督办的十问题中，淡水河流域重污染行业污染整治和广州的西部饮用水源污染整治、独水河流域重污染行业污染整治均需要较长的时间才能完成。其余七项挂牌督办的环境问题，均要求年内解决。
　　据惠州市环保局介绍，从2007年9月开始，惠州已停批在流域内新建的水污染型项目，陆续拒绝了多个型工业项目，其中就有富士康科技集团投资五亿美元的手机产业制造基地项目。惠州严格执行环保审批的有关规定，禁止在淡水河流域内新建和扩建化学制浆、造纸、电镀、制革、印染、线路板、发酵、规模化养殖和危险废物综合利用或处置等重污染和排放重金属、持久性有机污染的项目，并强化工业污染源监督管理。据不完全统计：2008年共受理流域内的建设项目审批499宗，因不符合环保要求否决58宗，否决率达11.6%。自2007年以来，流域内共有8家污染企业被吊销排污许可证。
　　在做好淡水河流域非法养殖场清理工作方面，惠州市政府专门发布《关于划定畜禽禁养区的通告》，将东江、西枝江及各支流(包括淡水河)沿江两岸1公里范围划定为禁养区，严禁畜禽养殖。
　　明确了整治时间和任务表
　　5月16日召开的深莞惠第二次联席会议提出，三市将把深惠跨界河流龙岗河坪山河—淡水河、深莞跨界河流观澜河—石马河、深莞界河茅洲河干流和支流作为重点，治理内容包括水污染治理、防洪排涝整治等。会议还明确了整治时间和任务表———2010年底前，沿岸污水处理厂全部建成并投入使用，2012年底前，沿河流域内的畜禽养殖场全部转移或关闭。
　　联席会议上三市签署的《深莞惠界河及跨界河综合治理计划》显示，三市还将加快污水处理厂、污水收集管网和污泥处置等设施的建设。其中惠州要重点推进金山、惠阳城区二期、新圩、沙田、永湖、亚湾二期等7座污水处理厂的建设以及淡水河干流防洪排涝整治工程、淡澳河分洪河整治工程。东莞、惠州联合推进潼湖围达标加固工程，深圳、惠州联合推进淡水河深惠交界段整治工程。到2010年，三市界河及跨界河流域内污水处理厂及其配套管网工程、污泥处置设施建成并投入使用，防洪排涝整治工程全面开工。
　　目前，惠阳城区生活污水处理厂和亚湾中心区污水处理厂已建成；流域内有35家企业自建生活污水集中处理设施；建成流域内惠阳山子顶生活垃圾无害化处理厂。